Terwijl Lenny Belardo zijn pontificaat als Pius XIII begint, roept hij de hulp in van zuster Mary, de voogdes uit zijn kindertijd, en begint hij zich vertrouwd te maken met het Vaticaan.
In de nasleep van de controversiële preek van de paus wordt zuster Maria in de schijnwerpers gezet en Voiello is vastbesloten om de zwakheden van de paus te ontdekken.
Terwijl Voiello zijn geheime campagne tegen de paus voortzet, manipuleert hij een ander om zich bij zijn complot aan te sluiten, terwijl de paus zelf radicale nieuwe plannen voor de kerk onthult.
Negen maanden na de machtsovername van de paus wordt de kerk geconfronteerd met een financiële crisis, is er vreugde voor Esther, terwijl Dussolier in een moeilijke positie wordt gebracht.
In de nasleep van een tragedie twijfelt Dussolier aan zijn capaciteiten, terwijl de paus zijn eigen beslissingen in twijfel begint te trekken als er een nieuw complot tegen hem opduikt.
De paus verwerkt zijn verdriet na het ervaren van een persoonlijk verlies en hij reist naar Afrika waar zijn ogen worden geopend voor een groter lijden.
Terwijl hij zich bezighoudt met de zaak Kurtwell en de eisen van de katholieken, neemt de paus een belangrijke beslissing, terwijl zuster Mary een nieuwe missie krijgt.